Il complesso abbaziale si presenta oggi come in origine, con la chiesa dedicata alla Vergine Maria che occupa il lato nord del chiostro. In stile cistercense-lombardo-borgognone, la chiesa è a tre navate, ha l’altare rivolto verso est, ed al suo interno è spoglia ed austera in quanto l’Ordine cistercense proibiva l’uso di decorazioni ed affreschi. Il chiostro è il simbolo della vita monastica, e ci appare oggi come il frutto di una ristrutturazione avvenuta alla fine del 1400. Il pozzo ottagonale al centro era usato per attingere l’acqua da una cisterna di acqua piovana. La struttura in ferro è del periodo dei Gesuiti.
Il lato sud ospitava le cucine e i refettori. All’inizio del 1800 secolo questi locali sono stati demoliti per fare spazio al Palazzo Giustiniani Bandini . Oggi resta solo il Refettorio dei conversi (monaci dediti al lavoro manuale) con volte a crociera e sette colonne composte da basamenti, fusti e capitelli provenienti dalle rovine della vicina città di Urbs Salvia. Sul lato ovest del chiostro si trova il cellarium, usato come magazzino e deposito. Sotto al lato nord del chiostro si trova la Sala delle Oliere, dove adesso è allestita la Raccolta Archeologica Abbadia di Fiastra. Sul lato est del chiostro si apre un passaggio che conduce alle Grotte del monastero, sotterranei con temperatura costante tutto l’anno, che venivano usate dai monaci per la conservazione dei viveri. Lo stesso passaggio conduce alle Cantine in cui venivano lavorate le uve raccolte nelle vigne dell’Abbazia, e dove è stato recentemente allestito il Museo del Vino.